################################################################################ ### ### ### RUNNING gff2aplot ### ### ### ### User: lopep ### ### Date: Tue Jun 3 16:42:16 2003 ### ### Perl: v5.8.0 ### ################################################################################ ################################################################################ ### SETTING DEFAULTS ### ################################################################################ ################################################################################ ### CHECKING COMMAND-LINE OPTIONS ### ################################################################################ ### ### Validating INPUT FILENAMES ### ###---> "plot_layers.gff" exists, including as Input File. ### ### Validating CUSTOM FILENAMES ### ###---> ".gff2aplotrc" NOT FOUND, skipping!!! ###---> "plot_layers_feat.rc" exists, including as Custom File. ###---> "plot_layers_feat2.rc" exists, including as Custom File. ###---> "plot_layers_pre.rc" exists, including as Custom File. ### ### Checking COMMAND-LINE Options ### ..... [000005] ### ### Checking Custom Variables SET by COMMAND-LINE ### LF [000002] ################################################################################ ### COMMAND-LINE OPTIONS CHECKED ### ### 0 wallclock secs ( 0.04 usr + 0.00 sys = 0.04 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### COMMAND-LINE CHECKED ### ### 0 wallclock secs ( 0.00 usr + 0.00 sys = 0.00 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### READING CUSTOM FILES ### ################################################################################ ### ### Reading Customization Parameters from "plot_layers_feat.rc" ### .....*LLLLLLLLLLL..*FFF [000023] ### ### Reading Customization Parameters from "plot_layers_feat2.rc" ### ......*.LLLLL. [000014] ### ### Reading Customization Parameters from "plot_layers_pre.rc" ### .....*...X...XX. [000016] ################################################################################ ### CUSTOM FILES LOADED ### ### 0 wallclock secs ( 0.01 usr + 0.00 sys = 0.01 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### MAPPING CUSTOMIZATION INPUTS TO MAIN VARS ### ################################################################################ ################################################################################ ### VALUES SET for MAIN VARS ### ### 0 wallclock secs ( 0.01 usr + 0.00 sys = 0.01 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### PARSING INPUT GFF RECORDS ### ################################################################################ ### ### Reading GFF records from "plot_layers.gff" ### .............XXXXXX...AAAAAAAA [000030] ################################################################################ ### DATA LOADED ### ### 0 wallclock secs ( 0.01 usr + 0.00 sys = 0.01 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### SETTING CUSTOM VALUES TO GFF ELEMENTS ### ################################################################################ ################################################################################ ### VALUES SET for GFF ELEMENTS ### ### 0 wallclock secs ( 0.01 usr + 0.00 sys = 0.01 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### SORTING ELEMENTS BY ACCEPTOR (START) ### ################################################################################ *- Sorting ANNOTATION DATA | *- Sequence: KoKo | | *- Source: layers | | | *- Strand: + | | | | *- Group: Gene A | | | | | Sorted 3 elements. | | | | `Sorted 1 groups. | *- Sequence: LaLa | | *- Source: layers | | | *- Strand: + | | | | *- Group: Gene a' | | | | | Sorted 3 elements. | | | | `Sorted 1 groups. *- Sorting ALIGNMENT DATA | *- Sequence: KoKo:LaLa | | *- Source: layers | | | *- Strand: ++ | | | | *- Group: LaLa | | | | | Sorted 4 elements. | | | | `Sorted 1 groups. | | | *- Strand: .. | | | | *- Group: LaLa | | | | | Sorted 3 elements. | | | | `Sorted 1 groups. | | | *- Strand: +. | | | | *- Group: LaLa | | | | | Sorted 1 elements. | | | | `Sorted 1 groups. ################################################################################ ### ELEMENTS SORTED ### ### 0 wallclock secs ( 0.01 usr + 0.00 sys = 0.01 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### SETTING PAGE LAYOUT ### ################################################################################ ###---> Page size set to "a4" ( 595 x 842 )... ###---> Setting plot AXES: ### ALIGNMENT "KoKo:LaLa" was found. PLOTTING IT... ### X-SEQUENCE "KoKo" was found. PLOTTING IT... ### Y-SEQUENCE "LaLa" was found. PLOTTING IT... ###---> SEQUENCE BOUNDARIES selected for this plot: ### X : 0 to 1000 ### Y : 0 to 1000 ###---> SEQUENCE ZOOM is not enabled for this plot... ###---> ZOOM AREA that is going to be highlighted: ### X : 100 to 400 ### Y : 600 to 900 ###---> SCORE BOUNDARIES selected for this plot: ### ALIGNMENT: 0.35 to 0.75 ### PERCENT box: 0.35 to 0.75 ###---> TICKMARKS were set: ### Nucleotide-Scale: Major step 100 - Minor step 20 ### Score-Scale: Major step 1 - Minor step 0.25 ###---> X/Y scale settings are: ### XY-RATIO is not taken into account for this plot ... ### Are X/Y axes going to have same length ? YES ################################################################################ ### PAGE LAYOUT SET for CURRENT PLOT ### ### 0 wallclock secs ( 0.00 usr + 0.00 sys = 0.00 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### WRITING POSTSCRIPT TO STDOUT ### ################################################################################ ###---> PostScript Header DONE... ###---> PostScript Colors Table SET... ###---> PostScript Page-formats Table SET... ###---> PostScript Variables SET... ###---> PostScript Functions SET... ###---> Writting PostScript Page: ### + APLOT-BOX section : ### + drawing X-sequence annotation (KoKo)... ### + drawing X-sequence ribbons... ### + drawing Y-sequence annotation (LaLa)... ### + drawing Y-sequence ribbons... ### + drawing X-sequence ribbons outline... ### + drawing Y-sequence ribbons outline... ### + drawing special features from custom files... ### + drawing alignment features (KoKo:LaLa)... ### + APLOT-BOX section DONE... ### + PERCENT-BOX section : ### + drawing X-sequence ribbons... ### + drawing X-sequence ribbons outline... ### + drawing alignment features (KoKo:LaLa)... ### + PERCENT-BOX section DONE... ### + EXTRA-BOX section : ### + drawing X-sequence ribbons... ### + drawing X-sequence ribbons outline... ### + EXTRA-BOX section DONE... ###---> PostScript Page FINISHED... ################################################################################ ### WRITING POSTSCRIPT FINISHED ### ### 0 wallclock secs ( 0.01 usr + 0.01 sys = 0.02 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### gff2aplot HAS FINISHED ### ### [ 0 wallclock secs ( 0.10 usr + 0.01 sys = 0.11 CPU) ] ### ################################################################################