################################################################################ ### ### ### RUNNING gff2aplot ### ### ### ### User: lopep ### ### Date: Wed Jun 4 18:20:12 2003 ### ### Perl: v5.8.0 ### ################################################################################ ################################################################################ ### SETTING DEFAULTS ### ################################################################################ ################################################################################ ### CHECKING COMMAND-LINE OPTIONS ### ################################################################################ ### ### Validating INPUT FILENAMES ### ###---> "taf6.gff" exists, including as Input File. ### ### Validating CUSTOM FILENAMES ### ###---> NO CUSTOM FILES found. Using program DEFAULTS. ### ### Checking COMMAND-LINE Options ### ### ### Checking Custom Variables SET by COMMAND-LINE ### ################################################################################ ### COMMAND-LINE OPTIONS CHECKED ### ### 0 wallclock secs ( 0.01 usr + 0.00 sys = 0.01 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### COMMAND-LINE CHECKED ### ### 0 wallclock secs ( 0.00 usr + 0.00 sys = 0.00 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### READING CUSTOM FILES ### ################################################################################ ### ### NO CUSTOM FILES found: Using program DEFAULTS. ### ################################################################################ ### CUSTOM FILES LOADED ### ### 0 wallclock secs ( 0.00 usr + 0.00 sys = 0.00 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### MAPPING CUSTOMIZATION INPUTS TO MAIN VARS ### ################################################################################ ################################################################################ ### VALUES SET for MAIN VARS ### ### 0 wallclock secs ( 0.00 usr + 0.00 sys = 0.00 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### PARSING INPUT GFF RECORDS ### ################################################################################ ### ### Reading GFF records from "taf6.gff" ### OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOXXXXXXXX [000050] XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX [000075] ################################################################################ ### DATA LOADED ### ### 0 wallclock secs ( 0.07 usr + 0.00 sys = 0.07 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### SETTING CUSTOM VALUES TO GFF ELEMENTS ### ################################################################################ ################################################################################ ### VALUES SET for GFF ELEMENTS ### ### 0 wallclock secs ( 0.00 usr + 0.00 sys = 0.00 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### SORTING ELEMENTS BY ACCEPTOR (START) ### ################################################################################ *- Sorting ANNOTATION DATA | *- Sequence: NM_009315 | | *- Source: chr5 | | | *- Strand: + | | | | *- Group: M.musculus | | | | | Sorted 16 elements. | | | | `Sorted 1 groups. | *- Sequence: NM_005641 | | *- Source: chr7 | | | *- Strand: + | | | | *- Group: H.sapiens | | | | | Sorted 17 elements. | | | | `Sorted 1 groups. *- Sorting ALIGNMENT DATA | *- Sequence: NM_009315:NM_005641 | | *- Source: BLASTN | | | *- Strand: ++ | | | | *- Group: 147.7 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 31.6 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 36.7 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 44.0 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 30.8 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 43.9 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 32.8 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 26.9 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 130.7 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 75.1 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 31.9 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 32.6 | | | | | Sorted 2 elements. | | | | *- Group: 28.4 | | | | | Sorted 2 elements. | | | | *- Group: 114.7 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 36.1 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 216.9 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 27.4 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 59.6 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 29.5 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 104.2 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 117.2 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 37.9 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 30.7 | | | | | Sorted 2 elements. | | | | *- Group: 36.8 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 174.4 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 109.7 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 32.9 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 28.6 | | | | | Sorted 2 elements. | | | | *- Group: 133.3 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 35.3 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 25.9 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 26.6 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 31.4 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 25.3 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 27.1 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 28.7 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 25.1 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | *- Group: 131.2 | | | | | Sorted 1 elements. | | | | `Sorted 38 groups. ################################################################################ ### ELEMENTS SORTED ### ### 0 wallclock secs ( 0.03 usr + 0.00 sys = 0.03 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### SETTING PAGE LAYOUT ### ################################################################################ ###---> Page size set to "a4" ( 595 x 842 )... ###---> Setting plot AXES: ### ALIGNMENT "NM_009315:NM_005641" was found. PLOTTING IT... ### X-SEQUENCE "NM_009315" was found. PLOTTING IT... ### Y-SEQUENCE "NM_005641" was found. PLOTTING IT... ###---> SEQUENCE BOUNDARIES selected for this plot: ### X : 1 to 5878 ### Y : 1 to 12278 ###---> SEQUENCE ZOOM is not enabled for this plot... ###---> NO ZOOM AREA was selected for this plot... ###---> SCORE BOUNDARIES selected for this plot: ### ALIGNMENT: 127 to 1405 ### PERCENT box: 127 to 1405 ###---> TICKMARKS were set: ### Nucleotide-Scale: Major step 1000 - Minor step 200 ### Score-Scale: Major step 1000 - Minor step 250 ###---> X/Y scale settings are: ### XY-RATIO is not taken into account for this plot ... ### Are X/Y axes going to have same length ? YES ################################################################################ ### PAGE LAYOUT SET for CURRENT PLOT ### ### 0 wallclock secs ( 0.01 usr + 0.00 sys = 0.01 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### WRITING POSTSCRIPT TO STDOUT ### ################################################################################ ###---> PostScript Header DONE... ###---> PostScript Colors Table SET... ###---> PostScript Page-formats Table SET... ###---> PostScript Variables SET... ###---> PostScript Functions SET... ###---> Writting PostScript Page: ### + APLOT-BOX section : ### + drawing X-sequence annotation (NM_009315)... ### + drawing Y-sequence annotation (NM_005641)... ### + drawing alignment features (NM_009315:NM_005641)... ### + APLOT-BOX section DONE... ###---> PostScript Page FINISHED... ################################################################################ ### WRITING POSTSCRIPT FINISHED ### ### 0 wallclock secs ( 0.05 usr + 0.00 sys = 0.05 CPU) ### ################################################################################ ### ################################################################################ ### gff2aplot HAS FINISHED ### ### [ 0 wallclock secs ( 0.17 usr + 0.00 sys = 0.17 CPU) ] ### ################################################################################